پژوهشکده محیط زیست جهاد دانشگاهی به عنوان یکی از هسته های تشکیلاتی- تحقیقاتی جهاد دانشگاهی کشور در راستای غنا بخشیدن به تحقیقات بنیادی- کاربردی محیط زیست در اردیبهشت ماه سال 1382 شکل گرفت. این پژوهشکده دارای پنج گروه پژوهشی قطعی و یک مرکز خدمات تخصصی است.